Сложность положения, в котором оказалась ПАСВ в этот период, была вызвана тем, что партия стремилась привлечь на свою сторону все без исключения классы и слои общества на базе собственной концепции «гармоничности арабского общества». Поэтому правительство хотело сочетать введение рабочего контроля на крупных предприятиях, участие рабочих в прибылях с удовлетворением требований национальной буржуазии, а намерение национализировать крупный иностранный капитал — с разрешением иностранным компаниям возобновить свою деятельность в Ираке.
Противоречивые мероприятия правительства в экономической области вызвали недоверие к нему как национальной буржуазии, так и иностранных компаний, привели к нарастанию экономического хаоса в стране. Национальная буржуазия начала закрывать предприятия и переводить капиталы за границу, что вызвало рост безработицы и недовольство рабочих. Сократили свою торговлю с Ираком иностранные компании. Одновременно ряд правительственных мер привел к сокращению экономических связей с СССР и другими социалистическими странами.
В аграрной области правительство приняло в апреле и июне 1963 г. законы о сокращении выкупных платежей за землю и размер арендной платы. Вместе с тем, когда крестьянство после обнародования законов стало стихийно захватывать помещичьи земли, правительство под нажимом землевладельцев прибегло к репрессиям. Тем самым доверие к политике властей было подорвано как у феодалов, так и у крестьянства. К тому же в июне 1963 г. на севере Ирака начались очередные военные действия между регулярной армией и курдскими отрядами. Бои приняли ожесточенный характер.
Попытки ПАСВ найти выход из создавшегося положения привели к обострению противоречий в партийном руководстве. В сентябре в нем образовались две группировки, разногласия между которыми переросли в военные столкновения. Создавшейся обстановкой воспользовалась группировка А.С Арефа. Заручившись поддержкой юнионистов и значительной части военных, она совершила 18 ноября 1963 г. государственный переворот. Вся полнота власти сосредоточилась в руках армии. Президентом стал А.С.Ареф, а после его гибели в авиационной катастрофе (1966 г.) власть перешла к его брату — генералу Абдель Рахману Арефу. Военные экстремистские группы пытались установить в стране жестокий репрессивный режим. Многие видные участники революции 1958 г. и деятели оппозиции были арестованы и физически уничтожены, против курдов продолжались военные действия.
Воспользовавшись углублением раскола патриотических сил в стране, правящая военная верхушка прибегла к демагогическим маневрам, ею была разработана правительственная программа строительства в Ираке так называемого «арабского социализма», проведения аграрной реформы, введения плановой экономики и содействия частному сектору. Во внешней политике провозглашалась верность идеям арабского единства. Программа была обнародована 26 ноября 1963 г. Затем правительство приняло временную конституцию, которая провозглашала равные права всех национальностей Ирака и предусматривала избрание всеми гражданами страны Национального собрания. Вместе с тем конституция запрещала деятельность политических партий, вместо них создавался Арабский социалистический союз — правительственная организация, объединившая различные политические группы и силы, поддерживавшие правительственный курс внутренней и внешней политики.
Не располагая общественной поддержкой, правящая верхушка А.Р.Арефа опиралась на высшие чины в армии и госаппарате. Она пыталась балансировать между помещиками и буржуазией, с одной стороны, и трудящимися — с.другой. Но политическая нестабильность лишь углубляла государственный кризис в стране.
Оппозиционные партии и группы воспользовались сложившейся обстановкой и изоляцией Ирака в арабском мире, в связи с неучастием его в отражении израильской агрессии 1967 г. на Ближнем Востоке. Правительственные декларации о готовности провести демократические выборы и сформировать коалиционное правительство не смогли спасти режим. 17 июля 1968 г. баасисты и армейские офицерские группы совершили государственный переворот и взяли власть в свои руки. Президент Ареф был арестован и выслан из страны, президентская власть перешла к лидеру партии баа-систов генералу Ахмеду Хасану аль-Бакру.
Сразу же после захвата власти ПАСВ провела серьезную перестройку в своих рядах, освободилась от правоэкстремистских элементов и создала новое партийное руководство в составе пяти человек, среди которых уже тогда активную роль стал играть армейский офицер и партийный активист Саддам Хусейн.