Здесь ему предстоял поход в Венгрию, где король Петр был низвергнут и мятежники, начавшие жестоко преследовать христиан и духовенство, избрали в короли представителя старой королевской династии, потомка Арпадов по имени Андрей. Этот король, верный своему христианскому имени, вернулся на путь прежней церковной политики и поддержал христианство. Задуманный Генрихом поход был на время отложен, тем более что герцог Лотарингский Готфрид снова взялся за оружие, подняв мятеж во Франции, Бургундии и Италии. Смута возросла настолько, что Бенедикт IX, воспользовавшись смертью Климента II, вернулся в Рим с помощью маркграфа Бонифация, до этого времени усердного сподвижника императора, а теперь тайного союзника лотарингских мятежников.

Гробница папы Климента II в Бамбергском соборе.

Единственный из пап, похороненный в Германии. В головах гробницы — изображение папы, призываемого ангелом в царствие небесное. По бокам — изображения христианских добродетелей. На верхней доске надпись no-латыни: «Высокочтимый отец и владыка во Христе, господин Суидгер фон Майендорф (родом) из Саксонии, второй епископ Бамбергский, впоследствии названный папой Климентом II, умер в Риме 10 октября 1047 г.».

Генрих скоро расправился с мятежом в Италии. Назначенный им папа, бриксенский епископ Поппо, вступил на папский престол под именем Дамаса II (1048 г.); с французским королем также восстановились хорошие отношения. Другая опасность возникла в Саксонии, где герцогская семья Биллунгов со злобной ненавистью преследовала преданного императору бременского архиепископа Адальберта, выжидая случая для проявления этой ненависти. Опасность со стороны Лотарингии миновала только в 1049 г., когда императорские войска под предводительством герцога Верхне-Лотарингского Герара нанесли решительное поражение вожакам восстания — графу Дитриху и герцогу Готфриду. В этой борьбе союзником императора был папа Лев IX, бывший епископ Туля Бруно, занявший римский престол после смерти Дамаса II. Император указал римским посланцам на него как на достойнейшего, и в феврале 1040 г. он вступил в Рим босой, в монашеском одеянии, читая молитвы, с соответственной свитой. Начав там упорную борьбу с симонией, он на некоторое время отправился к императору и, находясь в его лагере, отлучил мятежников от церкви. Могущество Готфрида рушилось, и он вместе со своим союзником графом Балдуином Фландрским летом 1049 г. просил императора о помиловании.