Однако согласие с папой продолжалось недолго. Могущество императорской власти в руках Оттона представляло ощутимую силу, и порочному слабому Иоанну XII это не нравилось. Он стал общаться с Беренгаром, затевая заговор против Оттона; потом принял у себя в Риме сына Беренгара Адальберта, бежавшего к арабам. Но в ноябре 963 г. император появился в Риме как победитель и взял с населения клятву, что на будущее время оно никогда не изберет папу и не допустит посвящения его в этот сан, не испросив на то согласия императора. Тут же он применил свою власть, созвав местный собор для суда над папой Иоанном XII и председательствуя на нем. В обвинительном акте был приведен длинный ряд прегрешений, которыми папа опозорил престол святого Петра. Он был смещен, и на его место избран папа Лев VIII. Конечно, не обошлось без смут и волнений, в которых деятельное участие принимал Беренгар и его порочная супруга Вилла, но вскоре они попали в плен к Оттону и были отправлены им в ссылку в далекий Бамберг. Папа Иоанн еще раз попытался силой вернуть себе власть, однако, вернувшись в Рим, скоропостижно скончался от удара. Его партия в Риме решила по-прежнему самовольно избрать папу, но Оттон не допустил этого, вторично вступив в Рим победителем и восстановив Льва VIII на папском престоле в 964 г. В начале 965 г. Оттон вновь был в Германии. Его мать, вдова короля Генриха, окруженная многими членами его семьи, встретила сына в епископском дворце в Кёльне и приветствовала его как императора. В том же году умер брат, друг и советник императора — архиепископ Бруно. Произошло это в такое время, когда его помощь была более всего необходима, поскольку император был занят учреждением нового архиепископства Магдебургского (архиепископ Магдебургский был поставлен во главе подчиненных ему епископов в Мерзебурге, Цейце, Майсене, Бранденбурге и Хафельс-берге), и ему приходилось бороться со строптивостью высшего духовенства.

Императорская печать Оттона I.

Надпись по кругу: «OТТО IMPERATOR AVGVSTVS».