Положения, утвержденные на этом соборе, привели к ряду религиозных прений и препирательств, преимущественно вокруг личности Христа и вопроса о соотношении в нем божественного и человеческого начал. Затем затеялся спор между Несторием, патриархом Константинопольским, который отказывался признавать Божию Матерь Богородицей, и Кириллом Александрийским, который это наименование отстаивал. Не меньше споров вызвал и вопрос о том, следует ли признавать одно или два естества во Христе? Вопрос этот, между прочим, вызвал страшное ожесточение и борьбу партий на соборе 449 г. в Эфесе. Наконец на Халкидонском соборе 451 г. была найдена надлежащая формула для решения этого вопроса и монофизитство (т. е. учение о том, что во Христе можно признавать только одно естество) осуждено как ересь. Одновременно с этим шли споры о грехе и Божием милосердии, о свободной воле человека и соотношении ее с Божиим милосердием; споры эти тесно связаны с именами Пелагия и Августина. Первый был британским монахом, в 411 г. пришедшим в Африку. Он с настойчивостью утверждал, что свобода воли есть высшее и неотъемлемое благо человеческой природы: и добро, и зло — не что иное, как свободные деяния человека, и только возможность делать добро и зло (без которой немыслимо и долженствование) исходит от Бога, причем его милосердие не создает добро, а только способствует его совершению. Августин, противник Пелагия, был уроженцем города Тагасты (в Нумидии); в 383 г. он был учителем красноречия в Риме, а затем в Милане, где, по его собственному признанию, предавался чувственным наслаждениям с великой необузданностью, а затем перешел в христианство после долгой и тяжкой внутренней борьбы и был крещен в 387 г. в Милане епископом Амвросием. Сам он полагал, что своим обращением обязан молитвам своей матери Моники. Чрезвычайно резко он противопоставил греховное состояние души действию Божия милосердия, в своей собственной жизни испытав и то, и другое. По его мнению, уже при совершении первого прегрешения человек утрачивает свободу воли и подпадает под рабство греха; из этого греховного человечества Божие милосердие дает возможность некоторому числу людей достигнуть блаженства и в этих избранниках действует не зависящим от их воли образом. С 395 г. Августин был епископом в Африке, он умер во время нашествия вандалов. Среди всех этих препирательств и споров христианские воззрения постепенно развились в стройную систему догматов, утвержденных вселенскими соборами. Одновременно с этими догматами развилось учение о католической церкви как носительнице безусловного авторитета в делах веры, во всем том, что необходимо человеку для достижения блаженства. Представителями авторитета церкви стали епископы. Они одни имели право голоса на соборах, на решении которых основывалась законодательная власть церкви; они стояли во главе клира в диоцезах и назначали клириков на различные должности. Во главе епископов каждой провинции стоял митрополит в качестве епископа местного главного города, он же созывал духовенство на соборы; выше митрополитов стояли патриархи — епископы, правившие церковью в главнейших центрах государства: Риме, Александрии и Антиохии, к которым причтен был на соборе 381 г. и Константинополь, «Новый Рим», занявший почетное место тотчас вслед за Римом; пятым патриархом был признан епископ Иерусалимский, не пользовавшийся, впрочем, особым влиянием. Среди всех этих патриархов римские епископы, называя себя преемниками апостола Петра, уже начали присваивать себе первенство и заявлять о своих притязаниях на общий надзор над всей христианской церковью. С полной ясностью эту идею выражал уже Лев I Великий (440–461), говоривший, что он стоит во главе церкви во имя апостола Петра и решает по внушению Божию и апостольскому. Постепенно развиваясь из первоначальной, чисто демократической основы, церковь дошла в своем устройстве до сложной иерархии, в лице римского епископа начиная стремиться к подчинению этой структуры монархическому единовластию высшего главы церкви.