Все, кто мог, искали себе спасения в бегстве на запад, а немногие храбрецы, как например Дионисий Фокейский, продолжали войну с персами, образовав легкую пиратскую флотилию. Персы, ожесточенные долгим и упорным сопротивлением, не замедлили отомстить. Часть военнопленных и между ними Гистией, отпущенный царем из Суз и обещавший унять восстание, а вместо того сам приставший к мятежникам, были казнены, другие отправлены на поселение на дальний Восток. Святилища греков были сожжены. Персы говорили, что «так поступать они научились у греков»… Затем восстановилось спокойствие. Артаферн приказал измерить страну и каждой общине назначил дань, которую она должна была платить. Затем он созвал выборных от городов и установил между ними мир, чего они никак не могли достигнуть, пока были предоставлены на волю самим себе.

Особенно оскорбило персов вмешательство афинян. Они не без основания предполагали, что имеют самый справедливый повод к объявлению войны, т. к. европейские ионийцы первыми нанесли им обиду, и Дарий, как рассказывают, со времени пожара Сард приказывал себе каждый день напоминать об этом ненавистном народе. При первом известии об этом пожаре он схватился за свой лук, пустил стрелу к небу и молил бога отомстить афинянам. Но привести это мщение в исполнение не спешили, и два первые похода (492 и 490 гг. до н. э.) были снаряжены в не слишком больших размерах.