Вскоре, 15 июля, между Краем и Моро было заключено перемирие и военные действия в Германии также приостановились; за это время Моро успел дойти до реки Инн. Мир не мог быть заключен так скоро, хотя перемирие было продлено. Австрия обещала Англии не заключать отдельного мира до февраля 1801 года. Англия не признала условий перемирия в отношение военных действий за морем, так как считала французов уже своими пленниками в Египте, и, собравшись с силами, обе стороны возобновили военные действия. Против армии Моро на место отозванного Края главнокомандующим был поставлен восемнадцатилетний принц императорского дома, эрцгерцог Иоанн, которому придали военного ментора в лице фельдцейхмейстера Лауера. Ни одна военная история не представляет такого множества отзывов главных начальников, как австрийская! Лауер начал свою деятельность очень неудачно; его смелый план, но плохо выполненный, довел до сражения при Гогенлиндене, селении близ Мюнхена, где Моро нанес тяжелый удар императорским войскам: австрийцы потеряли 12 000, а баварцы 5000 человек. Войско заметно убывало, французы преследовали их, и дорога на Вену была открыта. В Италии война возобновилась, и вся линия по Минчио пропала, как в Германии линия по Инну. Командование слишком поздно вновь доверило командование эрцгерцогу Карлу; он не мог посоветовать ничего лучшего, как перемирие, и в эрцгерцогстве Штирии, 27 декабря, заключил перемирие, бывшее собственно уже мирным договором, по которому войска поставлены были на пограничной линии в таком виде, что в случае возобновления военных действий, французские войска имели выгодную позицию: большая часть наследственных земель до Инна, весь Тироль, некоторые части Штирии были отданы в их руки.