Бонапарт сделал вид, будто его армия собирается около Дижона, но между тем собрал 40 000 человек на юго-восточной границе и, проведя смотр войск в Лозанне, повел их в Италию через перевал Большой Сент-Бернар. Во все времена французы любили сравнивать этот переход с переходом Ганнибала в древности, но и тут высказалась еще раз практическая ловкость французского солдата и предусмотрительность их предводителя. Распоряжения были самые разумные: на лошаках везли разнообразные артиллерийские принадлежности, пушки укладывали в пустые долбленые деревья и в трудных местах втаскивали на руках; форт, замыкающий узкую долину Дора-Балтеа, обошли, пушки провезли ночью по улице деревни, устланной матрацами и навозом.

Австрийцы купились на обман. Бонапарт направился к Милану, предоставив осажденной Генуе умирать от разразившегося в городе страшного голода. 2 июня Бонапарт вступил в Милан и восстановил Цизальпийскую республику. Мелас, пожилой, но храбрый генерал, повернул назад, желая парализовать противника, угрожавшего огромному влиянию Австрии на Италию; при Маренго, между Тортоной и Александрией, 14 июня ударил он по французам. Первое действие сражения, начавшегося в девять часов утра, кончилось в два часа пополудни отступлением французской армии. Тщетно старался Бонапарт, только что явившийся на поле сражения, повернуть военное счастье в свою сторону: к пяти часам победа казалась решительно на стороне австрийцев. Французы отступали; вдруг на поле сражения появился генерал Дезэ, только что вернувшийся из Египта с пятью тысячами свежих солдат. Совершенно неожиданно для австрийцев сражение возобновилось в то время, когда их главнокомандующий, уже утомленный, удалился. Дезэ был убит; его слова: «Храните в тайне мою смерть» — не более как красивая выдумка. С другой стороны, австрийцев постигло редкое несчастье: их начальник штаба, генерал Цах, со всем штабом был взят в плен. Счастье совершенно отвернулось от них; этот день, со всеми последствиями, отступление, переходившее в бегство, стоил австрийцам почти трети всей их военной силы. 4 июня Массена в Генуе капитулировал. Австрийцы выслали парламентера с предложением консулу очистить Геную и Пьемонт, и действительно, тут было объявлено перемирие, с целью начала переговоров о мире. Для Бонапарта резкое затишье было очень кстати, он тотчас же уехал в Париж; императорские войска ушли за По и Минчио.