Проследим, вкратце, события знаменитой, но вместе с тем и неудачной египетской экспедиции; со стороны она казалась гораздо прекраснее, чем была в действительности. Положение войска сделалось очень опасным после того, как погиб флот. Султан не пожелал понять той огромной пользы, которую, как уверяли его, французы доставили ему, уничтожив мамелюков. Побуждаемый Англией и Россией, он объявил 1 сентября войну Франции. Бонапарт решился из затруднительного положения своего извлечь возможные выгоды и стал устраиваться в Египте, как у себя, по-хозяйски. Естественные богатства страны и счастливый, уживчивый нрав французов много помогли ему. Некоторые французы так освоились с требованием Бонапарта применяться к обычаям местным (он подавал пример тому и сам), что совершенно перешли в ислам, как Мену — Абдалла Мену. Но опасность грозила с трех сторон: изнутри, где восстание в Каире было только на время подавлено; с севера, где опасались высадки англичан; из Сирии, где паша Ахмет-Джеццар собирал войско. Против последнего Бонапарт, по обыкновению, выступил сам. Пока Дезэ в Северном Египте удерживал остатки мамелюкского войска Мурада-бея, Бонапарт, в феврале 1799 года, шел в Сирию. Пограничная крепость Эль-Ариш сдалась 20 февраля. В Яффе, после взятия ее, казнили 2000 пленных; вероятно потому, что между ними оказались уже капитулировавшие в Эль-Арише. Опять дрогнули Святые Места и берега Иордана от грома оружия франков, как во времена крестоносцев. У этих новых франков было, впрочем, мало общего с крестоносцами; предводитель их уверял магометан, что он их друг, так как он прогнал с престола папу и уничтожил Церковь. Приступ на Сен-Жан-Дакр не удался. Турки оказали на стенах упорное сопротивление. Их воодушевляли англичанин Сидней Смит и французский роялист Филиппо. Победы в открытом поле приносили мало пользы. Положение в Египте становилось опасным, несмотря на победы Дезэ на берегах Верхнего Нила, где он проник до чудесных построек древних времен. Ученые, сопровождавшие войска, привезли оттуда сведения, которые послужили началом к целому ряду исторических исследований. Во французском лагере показался обычный союзник варваров — чума, от которой стали умирать. После сражения при горе Фаворе, в котором Бонапарт разбил Дамасского пашу, он возвратился в Египет и вступил опять 14 июня в Каир. Турецкая армия, в 18 000 человек, под начальством Румелийского паши, высадилась в Александрии. Бонапарт напал на нее и уничтожил ее 25 июля при Абукире.
При переговорах об обмене пленными, командор Сидней Смит дал ему пачку газет. Англичанин оказал этим плохую услугу коалиции; для нее выгоднее всего было, чтобы Бонапарт оставался в Египте. Между тем из этих газет Бонапарт узнал, что его час уже пробил во Франции. Его великие восточные планы, надежды сделаться новым Александром — не осуществились и были с самого начала несбыточны. Он мечтал, между прочим, соединиться с сыном Гидер-Али, Типпо-Саибом, Мизорским князем в Индии; с 1797 года француз Рибо старался вооружить саиба против англичан; но мещанский султан, как они прозвали этого восточного деспота, в мае этого года пал в сражении. Замечательно, что в этих битвах начал свое военное поприще будущий противник Наполеона, тогда еще не более как сэр Артур Уэлеслей. Если даже и была какая-либо возможность окончить с честью египетское предприятие, то сделать это можно было только из Европы, коренным образом изменив все отношения во Франции. Бонапарт быстро составил себе план действий и быстро осуществил его. Не спросись ни у кого, тайно, в уединенном месте и в сопровождении немногих лиц, он сел на корабль, оставив войску своему прокламацию, в которой он объяснял солдатам причины своего отъезда и обещал им скоро выслать новые подкрепления. Главное начальство он передал Клеберу, чем, конечно, ничуть не обрадовал его.
Счастье не покинуло его; он не попался многочисленным английским военным судам, плававшим по Средиземному морю. Из Фрежюса, где он высадился, он поспешил в Париж. По дороге население везде встречало его, точно законного повелителя, возвращающегося в свои владения. Он давно уже попал в число любимцев народа, которым прощают самые грубые ошибки. И народ был прав в этом. В сравнении с тем, что этот человек мог дать и дал бы своему народу, даже ошибка, подобная египетскому предприятию, оказывалась ничтожной.