К сожалению этими крупными успехами не сумели воспользоваться для полной победы и выгоды их были даже большей частью потеряны, по крайней мере, на северном театре войны, за Альпами. В Голландии англичане и русские высадились в половине сентября под начальством герцога Йоркского. Но поход этот был неудачен, он кончился 19 октября постыдной капитуляцией. Для англичан война эта была, однако, очень выгодна, так как они захватили колонии новой Батавской республики, а нидерландский флот передался им и поднял оранский флаг. Положение дел коалиции совершенно изменилось, благодаря лживому образу действия Вены. В основании се действий был положен чересчур недальновидный замысел — такова была вся политика Австрии — выжить русских из Италии, чтобы воспользоваться самим вполне плодами настоящего выгодного положения дел. Политикующие стратеги придумали в Вене совершенно новый план военных действий. Эрцгерцог Карл должен был двинуться к Рейну, где ожидали тогда дальнейших чудес от одновременного нападения англо-русских войск на Батавскую республику. Суворову было приказано перейти в Швейцарию и там соединиться со второй русской вспомогательной армией Корсакова, которая должна была прийти в половине августа в Шафгаузен. Такая неожиданная перемена в плане военных действий поставила Суворова в большое затруднение, так как ему предстояло совершить трудный переход через Альпы, в начале осени, в самое неудобное время. Кроме того, из трех путей через Альпы Суворов был вынужден избрать самый трудный — путь через гору С.-Готард, так как на других путях важнейшие проходы были уже заняты французами.

И вот в начале сентября 1799 года, при ненастной и туманной погоде, русские двинулись через Альпы. На вершине С.-Готарда французы загородили русским дорогу; но Суворов послал Багратиона в обход их позиции — и французы должны были уступить поле битвы. Весь переход через Готард, по дикой долине Рейса, по Чертову мосту, Вальдштетскому озеру, по долине Муотты — это нечто подобное подвигам древних витязей и переполнено самыми романтическими ужасами. Войско двигалось и сражалось по тропинкам, на которых ни до того, ни после никто никогда не воевал; оно шло среди пустынных каменных скал и ледяных гор (на них не было тогда даже следов теперешних любознательных путешественников), при нечеловеческих усилиях и лишениях, которые стоили Суворову почти 2000 воинов. Это возможно только такому полководцу, как Суворов, и такому солдату, как русский. Достигнув Муотенской долины, Суворов получил страшную весть о том, что Корсаков разбит Массеной при Цюрихе и вынужден к отступлению, а все выходы из Муотенской долины заняты 70-тысячной французской армией. У Суворова же было только 18 000 войска без артиллерии, без боевых припасов; солдаты были изнурены, босы и нуждались в самом необходимом. Французы были до такой степени уверены в громадном превосходстве своих сил, что считали нападение со стороны Суворова невозможным. Поэтому, когда русский генерал Розенберг ударил по французам со стороны Муотенской долины, он застал их врасплох и нанес им жестокое поражение, а между тем Суворов с главными силами оттеснил французов с другой стороны и пробился к Гларису; 26 сентября русское войско вышло наконец из гор, перешло на земли дружественной Баварии и отодвинулось за Лек. Узнав об этом, император Павел, разгневанный неприязненными действиями Австрии, порвал союз с ней и приказал своим войскам возвратиться в Россию. Суворов простился со своими сподвижниками в Кракове и уехал в Петербург, где вскоре и скончался (6 мая 1800 г.).

Несмотря на сентябрьские неудачи, можно было еще продолжать войну спокойно и с надеждой на успех, так как имелся в виду новый союзник в лице государства, до сих пор игравшего в событиях очень жалкую роль. Новый курфюрст Баварии, первый из линии Цвейбрюкенов, Макс Эммануэль, которому, казалось, не из-за чего было питать дружеские чувства к Австрии, обязался, однако, (1 октября, в Гатчине) всеми силами своего государства помогать правому делу. Он решился на это преимущественно оттого, что и правительство директории, стоявшее во главе враждебной республики, со своей стороны, в течение этого года дало достаточно доказательств своей полной неспособности.