Русская вспомогательная армия уже была на пути. Французская нота 2 января 1799 года требовала, чтобы Австрия остановила движение этой армии. 27 января французы заставили гарнизон очистить Эренбрейтштейн на правом берегу Рейна, а это было уже военное действие. 15 января Австрия отказалась исполнить требование французов, а 1 марта Франция объявила ей войну известием, что французские войска перешли за Рейн.

В этой второй союзной войне (1799–1801 гг.) главные военные действия происходили в Южной Германии, в Швейцарии и Голландии, а англо-турецко-французская война велась в Египте и Сирии. Первые свои победы французы одержали в пределах Гельветийской республики; они разбили здесь при Граубюндене австрийцев, которыми командовал фельдмаршал Готце. Зато в Верхней Швабии, между Дунаем и Боденским озером, эрцгерцог Карл счастливо воевал с дунайской армией французов. Он разбил 25 марта Журдана при Штокахе; 23 марта Массена с гельветийской армией был отбит с большим уроном от Фельдкирха.