В последние годы царствования царя Алексея Михайловича государство было потрясено еще одной страшной смутой на восточной окраине. Здесь московскому правительству пришлось вести трудную и продолжительную борьбу с казачеством и той вольницей, которая со всей Русской земли собиралась и селилась в низовьях Дона и Волги, куда издавна уходили все недовольные суровыми условиями русской городской жизни XVII века или не желавшие подчиняться власти помещиков после того, как переход крестьян был воспрещен. У всей этой вольницы появился (в 1667 г.) удалой предводитель, атаман Стенька Разин, человек грубый, жестокий, но отчаянно храбрый. Восстание, сопровождавшееся страшными жестокостями, распространилось по всему Поволжью, до Казани и Нижнего Новгорода. К мятежным скопищам Разина пристали толпы приволжских племен: мордва, черемисы, чуваши и татары . И только четыре года спустя мятеж этот удалось подавить самыми суровыми мерами после того, как сам Разин был пойман и казнен в Москве (1671 г.).

Вскоре после того царь Алексей Михайлович скончался (29 мая 1676 г.), оставив после себя большую семью от двух браков. От первого – двоих болезненных сыновей, царевичей Федора и Иоанна, и несколько дочерей. От второго брака – сына Петра (род. 30 мая 1672 г.), которому в год смерти отца было четыре года от роду.

Дворец (деревянный) в селе Коломенском – любимое местопребывание царя Алексея Михайловича