Не совсем безуспешны были, однако же, те меры, которые были им приняты по отношению к различным церковным злоупотреблениям, и к этим мерам очень сочувственно отнеслись даже весьма усердные и ревностные католики. Так, он значительно сократил число чересчур уже раз множившихся монастырей: утверждают, будто с 1782 года и до своей кончины он закрыл около 700 монастырей и сократил число монахов и монахинь на 36 000 человек. Но важнейшей его заслугой был указ о веротерпимости (20 октября 1781 г.), по которому разрешалось протестантам всюду, где их числилось 100 семейств, строить свои молельни, иметь своего священника, школьного учителя и консисторию. В то же время они уравнивались с католиками и в служебных, и в имущественных правах, на территории всех коронных владений. На представление папского нунция по этому поводу государственный канцлер (вполне согласный в воззрениях со своим государем) отвечал очень резко, и вот папа Пий VI ре шился сам, несмотря на несогласие своих кардиналов, отправиться в Вену (1782 г.). Это был человек в высшей степени приятный и превосходно понимавший искусство духовного представительства; вот почему на всем его пути все верующие и массы народа встречали его с восторгом, и император Иосиф принял его также чрезвычайно любезно. Но его присутствие в Вене нисколько не изменило воззрения императора на его церковные реформы, и даже вскоре после обратного отъезда папы в Рим Иосифом были приняты новые меры в том же направлении, как, например, сокращение епископских доходов в Венгрии. Впрочем, церковные имущества, забранные в казну, не были отчуждены от главной цели своего назначения. На средства, добытые этим путем, были основаны семинарии, школы, заведения для глухонемых и иные благотворительные учреждения и положено основание особому капиталу, предназначаемому на удовлетворение различных церковных и религиозных потребностей.