Чехи и их король не сумели воспользоваться тем временем, которое у них оказалось, чтобы подготовиться к борьбе, у них не было никакой объединяющей силы. Соединение армии лигистов с императорскими войсками произошло беспрепятственно, и решительная битва произошла 8 ноября 1620 года. Чешское войско, весьма пестрое по своему составу и притом плохо организованное, заняло позицию на Белой горе, в часе пути от Праги. В его рядах, под командованием князя Христиана Ангальтского, было около 30 000 человек. Имперско-лигистское войско, почти равное чешскому по численности, но отлично организованное под командованием графа Черкласса фон Тилли, который вел его от победы к победе, тотчас перешло в наступление и в течение какого-нибудь часа участь сражения была решена. В воскресенье, по получении известия о том, что битва уже началась, король Фердинанд, наконец, сел на коня и только было выехал за ворота, как уже увидел свое войско бегущим и узнал от князя Ангальтского, что сражение проиграно. Он еще ухудшил положение тем, что даже не попытался отстоять ни Праги, ни иных городов, еще занятых его войсками, и немедленно покинул страну, как беглец.

Тяжелые дни пришлось тогда переживать стране, доведенной уже до крайности и войной, и крестьянскими бунтами, которые вызывались неистовствами войск обеих партий. Проповедники в Вене особенно отмечали в своих проповедях то, что в день победы они в основу своей проповеди взяли текст «воздайте кесарево – кесареви», и события как бы послужили блистательным его подтверждением. Иезуиты и вполне подчиненный их власти двор считали победу уже делом решенным, и по их мнению, вопрос сводился к тому, как лучше воспользоваться плодами победы, по какой, более мягкой или более суровой, методе следует вновь приняться за окатоличение этой побежденной и смежных с нею стран.

Никто не ожидал, что без борьбы сдадутся последние крепкие города в Богемии: 21 февраля 1621 года начались аресты участников восстания, которые были преданы особому суду, руководствовавшемуся не какими-либо законными, а преимущественно субъективными соображениями. Первоначально к смертной казни были приговорены 27 человек, обвиненных этим судом, и 22 приговора из 27 были утверждены императором, который, совершив это великое деяние, отправился замаливать его в ближайший монастырь Св. Девы и принес ей в дар, в виде искупления пролитой крови, золотой венец ценою в 10 000 гульденов. В июне приговор приведен был в исполнение, а затем начались аресты лиц без всякого разбора и привлекаемых к суду ввиду их «несомненной» виновности; всем приходилось расплачиваться за свое участие в восстании либо полной утратой движимого и недвижимого имущества, конфискуемого в казну, либо утратой лучшей его части, причем за ту часть, которая еще оставалась в руках владельца, правительство нередко предлагало выплачивать дурной и низкопробной монетой, чеканка которой была разрешена компании плутов, принадлежавших к высшей знати.

Этими и подобными мерами все протестантское дворянство Богемии было разорено вконец, а затем общее бедствие довершилось еще поголовным изгнанием всех протестантских духовных лиц, которые по настоянию папского нунция всюду были замещены католическим духовенством, что окончательно привело все слои населения в полное отчаяние.