Тем временем старая Церковь оценила свои средства защиты, и иезуиты принялись за дело. Терпением и настойчивостью добились они того, что их влияние стало быстро возрастать: их училища, школы и коллегии были переполнены. Число их возрастало чуть ли не с каждым днем. Государей-католиков и высших правителей иезуиты убеждали в необходимости способствовать новому антиреформационному движению.
Вслед за своим отцом, Максимилианом II, скончавшимся в 1576 году, на престол вступил старший из его шести сыновей, Рудольф II (1576– 1612 г.). Он воспитывался в Испании, но там не сумели придать его неопределившемуся и незначительному уму надлежащее направление, и потому он не мог достойно поддержать славу своего мудрого и энергичного отца. Не добившиеся желаемого в царствование Максимилиана II, иезуиты имели полный успех при Рудольфе II – государе, хоть и горячем, но нерадивом, несамостоятельном, погруженном в любовные забавы и приключения. Такова была благодатная почва, на которую пало семя иезуитского влияния. Прежде всего, Рудольф отменил постановления своего отца о свободе вероисповеданий, а затем, в 1578 году, католичество было объявлено повсеместно господствующей и обязательной верой.
Бронзовый бюст императора Рудольфа II
Еще более утвердили его в этом направлении беспорядки в Вене во время торжественного религиозного праздника. Переломом в деле вероисповеданий для Германии следует считать события, разыгравшиеся в Кёльне, начиная с 1582 года, когда перешел в протестантство курфюрст – архиепископ Гебхардт (из южногерманского дома Трухзессов Вальдбургских). Он сделал это, исходя не из каких-либо религиозных воззрений, а просто ради того, чтобы жениться на некоей графине Агнессе Мансфельдт и в то же время укрепить свою власть. Большинство дворян было за него; но и противная сторона имела своих приверженцев.
Значительная часть городов уже была недоступна для католицизма, например: Магдебург, Бремен, Любек, Верден, Минден, аббатство Кведлинбург. Если так пошло бы и дальше, то скоро их примеру последовали бы и все остальные. Протестанты и католики двинули вперед свои войска. На поле битвы появились также и испанские отряды. Папа отрешил от сана архиепископа Гебхардта, а на его место посадил баварского принца герцога Эрнста, епископа Фрейзингенского. Эрнст тотчас же развернул контрреформационное движение и привел его к удачному завершению За это ему даровано было еще и епископство Мюнстерское, но с каждым годом становилось все труднее и труднее поддерживать церковный мир. Вновь возникли гонения на протестантов. В 1586 году изгнал их из своих владений епископ Вюрцбургский, а в 1588 – архиепископ Зальцбургский. В 1591 году началось преследование «крипто-кальвинистов» в курфюршестве Саксонском, а вслед за тем в Кёльне, как и в Страсбурге, в 1592 году, на спорных выборах в епископы, одержал верх кандидат от католической партии, кардинал Карл Лотарингский.