В начале 1598 года царь Федор скончался бездетным, и с ним пресеклась династия царей московских, восходившая к Александру Невскому и еще дальше, вплоть до первоначальных русских князей Рюриковичей. За шесть лет до смерти Федора его младший брат, царевич Дмитрий, был умерщвлен в Угличе, и народная молва утверждала, что убийцы были к нему подосланы Борисом Годуновым, который надеялся быть избранным на царство после смерти бездетного царя.

Однако после смерти царя Федора все бояре, как бы опасаясь этого избрания, поспешили присягнуть вдовствующей царице Ирине. Но она отказалась от престола и удалилась в монастырь. Борис также временно удалился от дел, пока преданный ему патриарх и сильная партия его приверженцев побуждали всех граждан московских предложить престол Борису. Но Борис притворно отказался. Он желал быть избранным не только Москвой, а всей Русской Землей, а для этого нужно было собрать Земский Собор. Собор был действительно созван в Москве, и 17 февраля 1598 года на соборе было решено еще раз просить Бориса принять престол. На этот раз Борис принял престол, рассчитывая, что после такого торжественного избрания будет править Московским государством спокойно и беспрепятственно, а также передаст его своему сыну. Но его расчеты не оправдались.

Воцарение Бориса никого не порадовало и ни в ком не пробудило сочувствия. Все знали, что он правитель искусный и опытный в управлении государством, но никто не верил в прочность его власти. Более того, бояре его опасались и завидовали ему, а народ роптал против него за стеснения, которые он внес в их жизнь закреплением крестьянства к земле. Борис, со своей стороны, также не доверял боярам, опасался их козней и всех подозревал в заговорах против себя. Подозрительностью Бориса воспользовались недобрые люди и стали перед ним выслуживаться доносами. За этими доносами последовали репрессии, розыски и ссылки.

В числе многих других, пострадавших от подозрительности Бориса, оказалась и вся семья бояр Романовых, сыновей Никиты Романова, брата царицы Анастасии. Старший из них, Федор Никитич, умный, начитанный, красивый, в цвете лет, был против воли пострижен в монахи (под именем инока Филарета), разлучен с женой и семьей и сослан в дальний монастырь на севере Руси. Братья его также были разосланы по ссылкам и подвержены такому жестокому обращению, что спустя год только один из четверых остался в живых. Эти опалы и ссылки ни в чем не повинных людей еще более озлобили против Бориса бояр и вельмож, а то отношение, которое Борис проявлял к иноземцам (посылая молодых людей за границу для обучения), отдалило от него и духовенство.

К довершению всего этого прибавилось недовольство и ропот со стороны народа, так как на него последовательно обрушились страшные бедствия. Три года подряд, с 1601 по 1604, в Московском государстве продолжались неурожаи, которые, в итоге, привели к неслыханному голоду. Страшный мор – неизбежное следствие голода – разразился над изнуренным населением Московского государства. Голодные, доведенные до отчаяния люди выходили на дороги разбойничать и грабили хлебные склады богатых людей и запасливых монастырей. Но как ни старался Борис Годунов помочь голодающим, все его усилия перед лицом этого страшного бедствия оказывались тщетными. Он щедро раздавал и хлеб из царских житниц, и деньги из своей казны, предоставлял народу возможность заработка на казенных постройках, но народ продолжал роптать на него и говорил, что бедствия посылаются на Русскую Землю Богом в наказание за прегрешения Бориса и за те темные дела, которыми он незаконно добился престола. Припоминалось ему и то, что он закрепостил народ, отдав его, вместе с землей, во власть помещиков .