В 1586 году боярин Никита Романович умер, и Годунов, управляя страной от имени государя, оказался полновластным владыкой всего государства Московского. Будучи человеком весьма умным, дальновидным и хитрым политиком, он способствовал распространению и утверждению власти московских государей в Сибири (где уже появились русские города и укрепления на берегах Енисея) и на Кавказе, где царь Кахетии Александр принял подданство Московского государя, а также были установлены первые сношения с Персидским шахом. Даже ливонские неудачи предшествующего царствования были отчасти исправлены тем, что Борис необычайно искусно сумел воспользоваться раздорами Польши и Швеции.

Поводом к раздорам послужило то, что шведский наследный принц Сигизмунд, избранный польским сеймом королем после смерти Стефана Батория, стал править Польшей под именем Сигизмунда III, но не отказался и от своих прав на шведский престол. Однако после смерти его отца шведским престолом завладел дядя Сигизмунда, избранный королем Швеции под именем Карла IX. И Сигизмунд III, и Карл IX, враждуя друг с другом, естественно, хотели видеть Московское государство в стане своих союзников. Но Борис, не желая вмешиваться в их распрю, придерживался выжидательной политики и уклонялся от союза и со Швецией, и с Польшей. Тогда Карл IX, чтобы развязать себе руки, решился вместо перемирия заключить «вечный мир» с Московским государством и возвратить отвоеванные шведами русские города: Ям, Копорье, Иван-Город и Корелу (Кексгольм).