В этот блестящий и деятельный период царствования Иоанна, он был чрезвычайно огорчен тем неприязненным и даже прямо враждебным отношением, какое демонстрировала по отношению к Московскому государству Ливония. Не следует забывать, что во второй половине XVI века вся западная граница была закрыта для прямых сношений Руси с Западной Европой. Такие сношения были возможны только через литовско-польские владения, где полностью зависели от разрешения короля и воли сейма, или же через Ливонию, так как никаких гаваней на Балтийском море у Московского государства не было. А между тем, Ливония, опасаясь того, что западное просвещение придаст еще больше силы и без того уже могущественному Московскому государству, старалась всеми силами препятствовать этим сношениям Руси с Западом, не пропуская иноземцев в Россию, и действовала при этом нагло вызывающим образом.

Особенно явно проявилась враждебность Ливонии в 1547 году, когда Иоанн отправил в Германию саксонца Шлитте с поручением – пригласить в Москву всяких мастеров, художников и ученых. Шлитте исполнил поручение добросовестно, но ливонское правительство не пропустило иностранцев в Москву. Когда же один из них, несмотря на запрещение, попытался перейти границу, ливонцы его нагнали и казнили. Иоанн не забыл этой обиды и, управившись на Востоке с Казанью и Астраханью, обратил оружие против Ливонии, решившись утвердиться на берегах Балтийского моря.