Это повлекло за собой возмущение дворян, которые вовсе не хотели иметь своим повелителем кого-либо из своей среды. Настроение народных масс вполне отвечало духу этого возмущения. Босвель не мог с ним бороться; он вынужден был бежать на Оркнэйские острова и там жил как пират.

Очутившись во власти лордов, королева как изменница была отвезена на остров Лок-Левен, где ее и принудили отказаться от престола в пользу ее сына и назначить при нем регентом Карла Морэя. Но она не могла примириться со своей судьбой. Она бежала и еще раз повела войска на битву. Ее лозунгом по-прежнему служило восстановление могущества католической Церкви и, благодаря этому, она всегда могла рассчитывать на содействие нескольких епископов, аббатов и магнатов, а также и некоторой части народных масс.

Битвой при Лонгсайде (к югу от Глазгова) в мае 1568 года Мария надеялась проложить себе дорогу к престолу. Но эта битва была проиграна и только ухудшила ее положение. Бегство в один из остававшихся и доступных для нее замков было бы лишь кратковременной отсрочкой, а дорогу к Франции ей преграждало море. Единственным средством к спасению было для нее бегство в Англию. 17 мая она вступила на землю, где властвовала Елизавета.