Повод к разногласиям был подан самим Филиппом, а не нидерландским дворянством. Никаких новых мер в отношении религии не требовалось. Карл V подавил новое учение с кровавой суровостью – число казненных за это исповедание равно страшной цифре – 50 000, а по другим источникам – даже 100 000 человек. Допустив, что последнее число, и даже первое, преувеличено, но принимая во внимание одиннадцать эдиктов, направленных против новшества, следует полагать, что лютеранство все же имело в стране значительное распространение. Однако последний из этих указов (1550 г.), был таков, что должен был удовлетворить даже Филиппа. Он ужасен до того, что и теперь, по прошествии четырех столетий, нельзя думать без стыда и негодования о том, что христианские государи могли опускаться до степени древнеперсидского или ассирийского варварства. Согласно этому эдикту, каждый продававший или покупавший сочинения Лютера и ему подобных, или даривший, или укрывавший у себя такие книги, или совершавший нечто подобное всему этому, подвергался казни. Мужчины, если они каялись в своем прегрешении, подлежали отсечению головы, женщины зарывались живыми в землю, нераскаянные же обрекались на сожжение.

Для существования такой системы требовалась военная сила и потому Филипп и не думал отзывать те 4000 испанцев, которые стояли еще в Нидерландах со времен окончания последней войны, хотя это и противоречило местному праву. Однако на этот раз ему пришлось уступить, потому что народное неудовольствие против чужеземцев стало обнаруживаться настолько грозно, что навеяло страх на самого Гранвеллу (1561 г.). Зато Филипп постарался умножить число епископов, в расчете на их содействие инквизиции. Ему и папе казалось недостаточно иметь четыре епископства на население приблизительно в три миллиона душ. В Испании было пятьдесят архиепископов и шестьсот восемьдесят четыре епископа, поэтому и для семнадцати нидерландских провинций были учреждены три архиепископства (Мехельн, Камбрэ, Утрехт) и четырнадцать епископств. Некоторые местности, назначенные для епископских кафедр, настойчиво ссылаясь на свои привилегии, отстояли свои права, но другие допустили молча водворение епископов.

Однако общее возбуждение усилилось и усердно поддерживалось кальвинистскими проповедниками, которые не испугались никаких эдиктов. Каждая казнь только увеличивала количество желающих принять на себя мученический венец. Народная ненависть, разделяемая и подогреваемая дворянством, осужденным на ничтожную роль, обратилась, преимущественно, на кардинала, так что, наконец, сама правительница стала советовать императору (1564 г.) его удалить, потому что его непопулярность отражалась на ней самой и на короле.