Каждый знал теперь, чему должен веровать, и если это новое изложение церковного учения было связано со всеобъемлющей церковной дисциплиной, которой подчинялись все верующие, в особенности же клир, то, с другой стороны, это самое законоучение подавляло всякую свободу, следовательно перекрывало, если не уничтожало совсем, источник всего доброго и возвышенного, всякое стремление к истине и познанию.

Прежде всего была восстановлена инквизиция, это страшное судилище всяких отклонений от того, что было признано как истинное верование. При Павле III была издана соответствующая булла (1542 г.) и исполнение ее было поручено самому ревностному и строгому из кардиналов, Иоанну-Петру Караффе. В ней значилось: быстрое формирование дела при малейшем подозрении, не взирая на личности, снисхождение допустимо лишь при сознании и раскаянии в вине, никакого помилования еретикам, запрещение печатать или продавать книги без разрешения инквизиции. Эти постановления особенно строго применялись в Италии, находя активную опору во взаимной враждебности партий и сообществ, которые были рады вредить друг другу, и самым распространенным средством были доносы инквизиции.

Новый создатель ее, основатель театинского ордена, кардинал Караффа, был избран в папы несколько месяцев спустя после заключения религиозного мира. Он принял имя Павла IV (1555-1559 гг.). Это был уже 80-летний старец, но в глазах которого блистал еще юношеский огонь.

Папа Павел IV, Караффа. Гравюра на меди работы Николая Беатризе

Его отношение к тому, что он называл церковной реформой, было похоже на болезненную страсть. Павел IV гордился тем, что не пропустил ни одного дня, не сделав какого-либо распоряжения на пользу восстановления Церкви. Особенно заботился он об инквизиции, предоставив ей право применять пытку для допроса лиц, причастных к делам тех, которые обвинялись в ереси.

Такое направление церковной политики оставалось господствующим в течение долгого периода времени. Даже кроткие и благородные люди, занимавшие после него папский престол, разделяли этот взгляд. Если они и не были согласны с таким положением вещей, изменить его были бессильны. Ближайшими преемниками Караффы был Пий IV (1559-1565 гг.), человек мягкого и веселого характера. При нем собор завершил свое мудреное дело. Затем Пий V (1572 г.), возведенный на папский престол строгой партией. Даже став папой, он продолжал вести монашеский образ жизни, проникнутый сознанием своего высокого призвания и считал своей обязанностью не щадить ни себя, ни других. Вместе с тем он неумолимо преследовал еретиков, так как вырос в атмосфере жесточайших воззрений инквизиции и оставаясь верен им до конца своих дней. Его преемником стал Григорий XIII (1585 г.), получивший в молодости юридическое образование, имевший сына и по-своему покровительствовавший науке. Он был последним папой, которому наука должна быть благодарна и которому она обязана исправленным календарем, носящим его имя (1582г.).

Но самым замечательных в этом ряду пап был Сикст V (1585-1590 гг.), человек, сам проложивший себе дорогу в жизни, в полном смысле этого слова. Он происходил из беднейшей семьи и с величайшим трудом добился первоначального образования, рано вступил в францисканский орден и выдвинулся как член самой строгой партии. Даровитый, образованный, наделенный громадной трудоспособностью и энергией, он безраздельно верил своей звезде и своему Богу, возведшим его, простого пастуха, в высший духовный сан в христианстве на шестьдесят четвертом году жизни, следовательно, сравнительно рано. Он оказался превосходным правителем. Благодаря своей беспощадной решимости, он сумел пресечь страшные бесчинства бандитов, хотя пали головы не одних только виновных. Помимо этого, Сикст V сумел навести порядок в области, составлявшей наследственное достояние Церкви, упорядочил ее управление, помог развитию промышленности и земледелия, насаждению тутовых деревьев, построил водопровод, Aqua Felice, носивший его имя и обеспечивавший Рим водой для питья. Помимо этого, он пополнил истощенную папскую казну, отчасти благодаря своей врожденной бережливости, а отчасти с помощью менее популярных финансовых мер, которые издавна были здесь в ходу. Ему удалось скопить большие суммы, разумеется не при помощи сбережении, а займов, проценты по которым выплачивались из средств от продажи вновь учреждаемых должностей и из вновь вводимых налогов.