Относительно религии умный победитель поставил везде снисходительные условия. Он полагал, что если заранее даст понять главную цель своей политики, то тем самым без нужды усложнит себе свою все же нелегкую победу. Более того, его согласие с папским двором, который умел отравлять жизнь своим друзьям еще более, нежели врагам, было уже нарушено. Собор, созванный весной 1546 года, принял решение совершенно противоречащее взглядам императора. Это собрание итальянских и испанских изуверов вопреки направлению прежних религиозных прений старательно выставляло в самом ярком свете все противоречия в обоих учениях и возвещало свои догматические положения под угрозой проклятия всем отщепенцам. Папа отозвал обратно свои войска из имперского лагеря (март 1547 г.), снова сошелся с французским королем и перевел собор из Триента в Болонью, под ничтожным предлогом наличия в Триенте какой-то эпидемии.