Война не обещала уже наперед ничего хорошего для протестантов вследствие ошибок, присущих людям, образующих подобные союзы. Ландграф, человек наиболее способный быть вождем, должен был уступить главенство неспособному в военном отношении курфюрсту Иоанну Фридриху, как стоящему выше его по положению и могуществу. Была возможность перекрыть императору пути из Италии, и главнокомандующий войсками в Верхней Германии, Шертлин фон Буртенбах, сделав удачный маневр, взял Фусен. Затем он овладел важным проходом Эренбергского ущелья, угрожал разогнать собор и занять весь Тироль. Но ему запретили дальнейшее продвижение, не желая вступать в настоящую войну, хотя она была уже неминуема. После того, как удобнейший случай был упущен, и войска стояли уже друг против друга, Иоанн Фридрих не мог воздержаться от ненужного смелого словца, которое поставило его же в положение виновного: он послал объявление о войне «Карлу, королю испанскому, именующему себя пятым римским императором».

Армия союзников, собравшаяся в начале августа в Донауверте, насчитывала сорок тысяч человек. Примерно столько же, не считая ожидаемой помощи из Нидерландов, было и у императора, в том числе и восемнадцать тысяч иностранного войска, выговоренного им согласно подписанной при его избрании бумаги. Здесь, на Дунае, не было дано ни одного большого сражения. Происходили лишь небольшие стычки, но император давно уже заложил ту мину, с помощью которой он надеялся нанести сокрушающий удар по противнику: по тайному договору он заручился содействием герцога Морица и поручил ему исполнение приговора об изгнании курфюрста, его двоюродного брата, на которое тот был осужден. Предательство совершилось. Мориц вторгся в курфюршество, то есть в тыл протестантам. В протестантском лагере обстановка и так была неблагополучной, но этот удар решил все: армии пришлось разъединиться, то есть оставить императору Верхнюю Германию. Таким образом, он выиграл первую победу, так сказать, не обнажая меча.

Самый сильный из верхнегерманских городов, Ульм, капитулировал, и по условиям капитуляции обязался отказаться от Шмалькальденского союза, возвратить все, взятое незаконно, распустить свое войско, выплатить сто тысяч гульденов пени и впредь повиноваться вновь учреждаемой в нем судебной палате. Так поступили и другие города: Гейльброн, Эслинген, Рейтлинген, равно как и герцог Вюртембергский, сдавший имперским войскам Шорндорф, Кирхгейм и Гогенасперг и выплативший посрочно триста тысяч гульденов, благодаря чему он спас, по крайней мере, Каданский договор.

Кёльн был тоже вовлечен в общее крушение. Архиепископ понял, что не в силах осуществить свою великую миссию и отказался от своей кафедры (январь 1547 г.). В то же время сдался Аугсбург, а затем и четвертый из больших верхнегерманских городов, Страсбург.