Важной заслугою Василия II была та непоколебимая твердость, с которой он встретил происки папства, как раз в это время возобновившего свои попытки воссоединения восточной и западной церквей. Грек Исидор, незадолго перед тем поставленный в московские митрополиты константинопольским патриархом, задумал ехать в Италию для участия на соборе, созванном во Флоренции (1439 г.), с целью воссоединения церквей. Великий князь Василий долго противился этой поездке Исидора и наконец сказал ему в напутствие: «Смотри же, приноси к нам древнее благочестие, как мы его приняли от Владимира; а нового, чужого, не приноси — мы не примем». Исидор притворно обещал стоять за православие, но на соборе беспрекословно подписал грамоту о соединении русской церкви с западной церковью и даже признал главенство папы. Когда же по возвращении в Москву он дерзнул на литургии вместо восточных патриархов помянуть папу, а после литургии задумал читать народу грамоту о состоявшемся будто бы воссоединении церквей, великий князь приказал посадить его под стражу и, как отступника, предать церковному суду. К счастью для Исидора, он успел во время суда бежать из заточения и избегнуть предназначенной ему кары. После свержения Исидора в митрополиты «Московские и всея Руси» был избран рязанский епископ Иона и поставлен собором русских епископов. С той поры (1447 г.) московские митрополиты уже постоянно «поставлялись» на Руси, а не ездили за этим в Константинополь, который пять лет спустя уже был во власти турок, причем и сам константинопольский патриарх оказался в весьма приниженном и зависимом от султана положении. Именно с 1447 г. и наступает начало долгого и упорного разъединения русского Востока и европейского Запада. Это разъединение, обусловленное желанием сохранить в полной чистоте свою веру как драгоценнейшее начало русской народности, способствовало отчуждению Руси от блестящего и быстрого прогресса, по пути которого двинулась Европа с конца XV в., и несомненно замедлило ход ее просвещения и научной образованности. С другой стороны, это разъединение с Западом дало возможность Руси окрепнуть в своем самостоятельном росте и в высшей степени развить те национальные особенности, которые два-три века спустя дали ей возможность выступить на поприще европейской истории в качестве самостоятельной, независимой ни от кого державы.