Наука не только развивалась в пределах церковных воззрений и догматики, но в некоторой степени была монополией духовного сословия. Была лишь одна наука — богословие, и то, что могло быть приобретено знанием, укладывалось в эти рамки, составляя нераздельную ее часть. Это средневековое богословие, бывшее вместе с тем и философией, носит название «схоластики».

Схоластика особенно процветала в этот период. Приведя в систему церковное учение, придав ему научную форму, сделав его правдоподобным для мыслящих умов, она с новой стороны подкрепила превозмогавшую все силу церкви и духовного сословия. К великим учителям XI и XII вв.: Ансельму Кентерберийскому, Беренгарию Турскому, Ланфранку, Абеляру, Бернару Клервоскому, Петру Ломбардскому, — присоединились теперь знаменитые догматики нищенствующих орденов: доминиканец Фома Аквинский (1225–1274) и францисканец Иоанн Дунс Скотт (ок. 1266–1308). Согласно их воззрению, церковное учение содержит объективно неопровержимую истину. Со строгой, глубоко проникающей последовательностью они развивают свою научную систему, исследуя соотношение разума и откровения, существо и естество Божие, углубляются в таинство Троицы, вечности или предельности мира, в отношение человеческой свободы к божьему промыслу; разбирают существо ангелов и степень их знания по сравнению со знанием человеческим, греховность и благодать, искупление и прощение; представляя церковь в виде мистического тела, к которому принадлежат и ангельские чины, они извлекают из этого представления число семи таинств, особо углубляясь в истолкование важнейшего из них — таинства Евхаристии, изощряют всю тонкость своего ума для истолкования того, каким образом благодать Божия действует в таинствах, и опускаются даже до рассмотрения таких догматических и мелочно-обрядных вопросов, для разрешения которых им остается только один выход: прибегнуть к премудрости Божьей, и «Deus novit» полагает конец их сомнениям. Так, путем схоластических тонкостей было объяснено, почему священнослужитель никоим образом не может принимать Тела без Крови, — хлеба без вина, — между тем как мирянин может и даже должен делать это: священнослужитель, говорило учение, приносит жертву во имя всех, а «Христос всецело содержится под обоими видами». В этом пункте ярче выступает связь между схоластической догматикой, выраженной в полном совершенстве Фомою Аквинским, и могуществом иерархии. В 1264 г. Урбан IV дал этой связи наглядное и весьма искусное выражение, учредив новейшее из церковных празднеств — «праздник Тела Господня» (Corpus Dei). Рядом со схоластикой и опиравшейся на Аристотеля диалектикой в богословии развивалось и другое направление, которое характеризуется именами Гуго (1141 г.) и Ришара (1173 г.) из обители Сен-Виктор: это была мистика, которая, оставляя себе и веру, и науку, доводила религиозное чувство до непосредственного созерцания божественной истины, — или, по крайней мере, вела к предвкушению такого созерцания.

Самомнение и высокомерное смирение духовного сословия в лице Григория VII дошли до своего высшего, в своем роде неповторимого развития. В одном из посланий к епископу Герману Мецскому (1081 г.) он «с полным смирением» ставит вопрос: «Может ли кто сомневаться в том, что служители Христовы поставлены быть отцами и руководителями королей, князей и всех верующих?» И он достаточно близко подходит к демократическим разглагольствованиям позднейших веков, восклицая при этом: «Кто же не знает, что короли и князья ведут свой род от тех, кто и не ведал о Боге, и достигли своего господства над людьми, ближними своими, с помощью высокомерия, насилия, коварства, разбоя, словом, преступлений всякого рода, посеянных князем мира сего то есть дьяволом, и властвуют со слепой жадностью и невыносимой гордыней? Кто из них дерзнет совершить высшее в вере Христовой: словом своим изобразить Тело и Кровь Господню?»