Неутомимый в борьбе, Фридрих лично собирался принять в ней участие, но в декабре 1250 г. скончался в замке Фиорентино, близ Лючеры. Из всех его сыновей один только Манфред присутствовал при его кончине. Он успел перед смертью написать завещание; дружественный ему архиепископ Палермский признал его членом церкви, исповедал и дал ему отпущение грехов. Говорят даже, будто он умер, облаченный в монашескую рясу, примиренный с церковью и успокоенный духом.

Гробница Фридриха II в соборе Палермо.

Надпись: «Здесь покоится достославный император и король Сицилии Фридрих II, умерший в Фиорентино в Апулии 13 декабря 1250 г.».

Этот замечательный и чрезвычайно разносторонний человек обладал необычайно живым и подвижным умом, проявлял большую любознательность, легко усваивал знания и так же легко излагал их в оживленной и легкой речи. При этом он проявлял расположение к науке, логике, медицине, естествознанию, обладал довольно значительной библиотекой, в которой, между прочим, находились греческий и арабский экземпляры произведений Аристотеля. Ему приписывается книга о соколиной охоте и итальянское стихотворное произведение, а циркулярные ноты и памятные записки, в составлении которых он принимал большое личное участие, доказывают в нем несомненный и довольно значительный публицистический талант. Особое удовольствие он находил в спорах, в оживленном изложении разных воззрений. Это расположение к диспутам на многих производило такого рода впечатление, будто он и сам разделяет мнения, к которым так охотно прислушивается. Один из магометанских послов, посетивших его двор, нашел даже, что Фридрих питает большое расположение к мусульманам, и, может быть, поэтому церковь, даже до полного разрыва с ним, никогда не верила в твердость его религиозных убеждений. И для этого было некоторое основание: он слишком много размышлял о религиозных предметах, слишком вдавался в споры догматического характера, гораздо более, чем то могло быть допущено церковью и ее руководителями, в особе государя. Большим недостатком Фридриха была двойственность, неустойчивость его нравственного существа, преисполненного самых резких противоречий: вольнодумство и преследование ересей, строгое отношение к окружающим и собственная распущенность — все это одновременно уживалось в нем и должно было отталкивать многих. Возможно, эта его неровность происходила именно от той дурной обстановки, среди которой ему пришлось вырасти и развиться: в этой обстановке честность и прямота, столь редкие во всякое время, были немыслимы. Он рано научился рассчитывать, хитрить и лицемерить, прибегать ко всякого рода уловкам, легко и щедро рассыпать обещания и играть своим словом. Несмотря на все это, в нем едва ли можно признать только хитрого политика и дипломата. В своей борьбе с папством он выказал себя человеком государственным, способным твердо и убежденно отстаивать самостоятельность светской власти против гнета папства. Большой ошибкой Фридриха было то, что он придавал слишком большое значение своему императорскому сану и, стараясь всеми силами это значение поддержать, разбрасывался, путался в бесчисленных и сложных отношениях и в то же время пренебрегал началами, которые уже стали проявляться в жизни его родной страны. Так, например, он не сумел воспользоваться пробуждающейся самостоятельностью городской и сословной жизни, как и многими другими многообещающими задатками развивающегося народного самосознания. Упорно держась крупных владетельных князей, он в то же время, похоже, не сознавал, что его власть как императора будет падать и терять значение по мере того, как возрастает власть князей, с одной стороны, а с другой — что и остальные сословия начнут заявлять вполне законные притязания на участие в жизни государства.