После пятнадцатилетнего отсутствия император вынужден был вернуться в Германию, потому что его сын Генрих, давно уже не ладивший с отцом, поднял против него бунт, поводом к которому послужило то особое расположение, которое отец выказывал своему младшему сыну от второго брака Конраду, а также высказывания Фридриха по поводу некоторых правительственных мероприятий сына. Тот опирался главным образом на министериалов, низшее дворянское сословие, которое со времен Генриха IV при быстром возрастании могущества князей утратило всякое значение. При этом он выказал себя также сторонником городских общин и вступил в отношения с ломбардскими городами, и его манифест, объявлявший во всеуслышание о его разрыве с отцом, был сочувственно встречен многими недовольными. Но сочувствием все дело и ограничилось. Едва только император Фридрих явился в Германию, попытка Генриха сопротивляться оказалась тщетной. Отец его справился с возмущением, даже не принимаясь за оружие. Сын по зову отца явился в Вормс в июле 1235 г., был посажен в заточение, пытался бежать и потом был отправлен в Апулию, где вскоре после того (1242 г.) и умер в заточении, на 31-м году. Это грустное событие не помешало императору Фридриху извлечь из своего пребывания в Германии пользу: он вступил в третий брак с английской принцессой Изабеллой, сестрой короля Генриха III. Встреча нареченной невесты в Кёльне и свадебное пиршество в Борисе сопровождались празднествами и блестящими рыцарскими турнирами в июле 1235 г.